1  R & Geodata

Time duration
(min)		 Block Argument details
09:30 20 B01 Intro to R
09:50 10 B01 Q
10:00 20 B02 I / O operations in R
10:20 10 B02 Q
10:30 20 B03 Geodata manipulation in R: vector data model
10:50 10 B03 Q
11:00 30 BREAK
11:30 20 B04 Data manipulation in R
11:50 10 B04 Q
12:00 20 B05 Geodata manipulation in R: raster data model
12:20 10 B05 Q
12:30 20 B06 EDA & Variography in R
12:50 10 B06 Q

1.1 [B01] Intro to R

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Hands-on programming with R, free online book


  • Introduction to RStudio IDE > main panels: console, source, plot, environment, files, packages, history


  • RStudio – Basic operations

    01_basic_operations_in_R.R

  • Esercizi

    1. puntare il pannello Files sulla cartella master_unipd
    2. creare un oggetto numerico di 3 elementi inserendo il giorno, mese ed anno di nascita
    3. creare un oggetto character di due (o più elementi) in cui inserire il proprio nome e cognome

1.2 [B02] I / O operations in R

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  • built-in data

    02_data_function.R

  • covid data: openness & remote access

    03_covid_cases.R

  • climate data: interoperability & webAPI

    04_CAR_daily_rainfall.R

  • (soil / environmental data: see vector & raster data)

  • Esercizio

    • selezionare la colonna delle precipitazioni
    • realizzare un plot delle precipitazioni
    • calcolare il numero di stazioni con precipitazioni superiori o uguali a 2 mm

1.3 [B03] Geodata manipulation in R: vector data model

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  • Simple Feature Standard (reduced version)

    Introduction to Vector Geospatial Objects and Analysis

  • example: create a point geometry from scratch (google maps –> 4326 –> projection)

    05_create_SF_from_googlePoint.R

  • export geojson

    06_export_geojson.R

  • import shapefile / geojson

    07_read_CAR_data_geojson.R

  • Esercizio

    • importare il geodato vettoriale rain_daily.geojson delle precipitazioni in R
    • visualizzare la tabella dati – print() , View() , …
    • realizzare una mappa dei punti geospaziali (usare il colore del simbolo per rappresentare la magnitudine della variabile) – suggerimento: plot() , tm_shape() , …


References
Pebesma, Edzer. 2018. “Simple Features for R: Standardized Support for Spatial Vector Data.” The R Journal 10 (1): 439–46. https://doi.org/10.32614/RJ-2018-009.

1.4 [B04] Data manipulation in R

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  • Create a function:

    08_covid_cases_map.R

    09_covid_casesIncrements_map.R

  • dplyr (filter, select, aggregate, mutate)

    10_CAR_10m_rainfall.R

    cheat sheet

Esercizio:

  • invocare la funzione plot_todayDiff_c19_totcases() per la data 15 Novembre 2021
  • selezionare le misure a 10 minuti per la stazione di Avellino Genio Civile dal data.frame r_m10
  • calcolare il totale giornaliero per la stazione di cui al precedente punto
  • quanti elementi temporali (10-min) sono stati piovosi per la stazione selezionata?

1.5 [B05] Geodata manipulation in R: raster data model

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  • raster data model in R (terra package)

    Raster Data Model in R

  • climate data: interoperability & datacubes

    one example using either COSMO or ERA5LAND


Esercizio:

  • importare il DEM della Campania
    • path: /didattica/docente_Langella/Raster-Data/
    • file: dem20m_campania.tif
  • leggere il valore di quota per il pixel di coordinate matriciali riga=700, colonna=800
  • leggere il valore di quota nel punto di coordinate X=460000, Y=4500000

References
Book: Spatial Data Science, by Pebesma & Bivand

1.6 [B06] EDA & Variography in R

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  • *EDA: Exploratory Data Analysis

    11_EDA_&_variography_rainfall.R

Esercizio (anche per casa):

  • generare il variogramma sperimentale del cadmio
    • dataset meuse (dato built-in in R, pacchetto sp)
    • scala logaritmica